2016
1/32-finals
| 1 | Ind. Medellin | U. Catolica | 1 : 0, 1 : 1 |
| 2 | Penarol | Sp. Luqueno | 1 : 1, 0 : 0 |
| 3 | Sport Recife | Bye | |
| 4 | Bye | Santa Cruz | |
| 5 | Cerro Porteno | Fenix | 2 : 0, 0 : 1 |
| 6 | U. Catolica | Real Potosi | 1 : 1, 1 : 3 |
| 8 | Bye | Santa Fe | |
| 9 | Coritiba | Bye | |
| 10 | Bye | Vitoria | |
| 11 | Estudiantes L.P. | Bye | |
| 12 | Bye | Belgrano | |
| 13 | Sol de America | Wilstermann | 2 : 1, 1 : 1 |
| 14 | Dep. Anzoategui | Sport Huancayo | 0 : 1, 2 : 1 |
| 15 | Bolivar | U. De Concepcion | 3 : 0, 0 : 2 |
| 16 | Dep. Municipal | Atl. Nacional | 0 : 1, 0 : 5 |
| 17 | San Lorenzo | Bye | |
| 18 | Bye | Banfield | |
| 19 | Emelec | U. de Deportes | 3 : 1, 3 : 0 |
| 20 | Deportes Tolima | La Guaira | 0 : 1, 0 : 0 |
| 21 | Flamengo RJ | Bye | |
| 22 | Bye | Figueirense | |
| 23 | Cusco | Aucas | 1 : 0, 1 : 2 |
| 24 | Libertad Asuncion | Palestino | 0 : 3, 0 : 1 |
| 25 | Junior | Lara | 2 : 1, 3 : 1 |
| 26 | Plaza Colonia | Blooming | 1 : 1, 0 : 1 |
| 27 | Zamora | Barcelona SC | 2 : 1, 1 : 1 |
| 28 | O'Higgins | Wanderers | 0 : 1, 0 : 0 |
| 29 | Independiente | Bye | |
| 30 | Bye | Lanus | |
| 31 | Cuiaba | Bye | |
| 32 | Bye | Chapecoense-SC |
1/16-finals
| 1 | Ind. Medellin | Sp. Luqueno | 0 : 2, 3 : 0 |
| 2 | Sport Recife | Santa Cruz | 0 : 1, 0 : 0 |
| 3 | Cerro Porteno | Real Potosi | 1 : 0, 6 : 0 |
| 4 | Bye | Santa Fe | |
| 5 | Coritiba | Vitoria | 1 : 0, 1 : 2 |
| 6 | Estudiantes L.P. | Belgrano | 0 : 2, 1 : 0 |
| 7 | Sol de America | Sport Huancayo | 1 : 1, 1 : 0 |
| 8 | Bolivar | Atl. Nacional | 0 : 1, 1 : 1 |
| 9 | San Lorenzo | Banfield | 4 : 1, 0 : 2 |
| 10 | Emelec | La Guaira | 0 : 0, 2 : 4 |
| 11 | Flamengo RJ | Figueirense | 3 : 1, 2 : 4 |
| 12 | Cusco | Palestino | 0 : 1, 2 : 2 |
| 13 | Junior | Blooming | 1 : 1, 2 : 0 |
| 14 | Zamora | Wanderers | 0 : 1, 0 : 1 |
| 15 | Independiente | Lanus | 1 : 0, 2 : 0 |
| 16 | Cuiaba | Chapecoense-SC | 1 : 3, 1 : 0 |
1/8-finals
| 1 | Ind. Medellin | Santa Cruz | 1 : 3, 2 : 0 |
| 2 | Cerro Porteno | Santa Fe | 4 : 1, 0 : 2 |
| 3 | Coritiba | Belgrano | 3 : 1, 1 : 2 |
| 4 | Sol de America | Atl. Nacional | 0 : 2, 1 : 1 |
| 5 | San Lorenzo | La Guaira | 2 : 0, 2 : 1 |
| 6 | Flamengo RJ | Palestino | 1 : 2, 1 : 0 |
| 7 | Junior | Wanderers | 1 : 0, 0 : 0 |
| 8 | Independiente | Chapecoense-SC | 0 : 1, 0 : 0 |
Quarter-finals
| 1 | Ind. Medellin | Cerro Porteno | 0 : 2, 0 : 0 |
| 2 | Coritiba | Atl. Nacional | 1 : 3, 1 : 1 |
| 3 | San Lorenzo | Palestino | 0 : 1, 2 : 0 |
| 4 | Junior | Chapecoense-SC | 0 : 3, 1 : 0 |
Semi-finals
| 1 | Cerro Porteno | Atl. Nacional | 0 : 0, 1 : 1 |
| 2 | San Lorenzo | Chapecoense-SC | 0 : 0, 1 : 1 |
Final
| 1 | Atl. Nacional | Chapecoense-SC |
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